संन्यास लेने के बाद जिन वर्षों में श्री चैतन्य महाप्रभु यात्रा करते रहे, उनमें वे दो बार वाराणसी से होकर गए। दोनों ही बार प्रभु चन्द्रशेखर आचार्य के घर में ही मिले।
वृन्दावन जाते समय एक संक्षिप्त भेंट #
पहली भेंट चलते-चलते हुई। वृन्दावन की ओर जाते हुए श्री चैतन्य महाप्रभु वाराणसी में थोड़े समय के लिए ही रुके थे। चैतन्य-चरितामृत बताता है कि उस दिन तपन मिश्र के पूरे परिवार ने प्रभु के भोजन का शेष भाग प्रसाद के रूप में ग्रहण किया, और यह भी कि "जब यह समाचार फैला कि प्रभु आए हैं, तो चन्द्रशेखर उन्हें देखने आए।" यह केवल एक श्लोक है, इससे अधिक नहीं। यह वहाँ ठहरना नहीं था, केवल आदर से मिलने आना था। फिर भी इससे यह पता चलता है कि लौटते समय प्रभु की लम्बी भेंट से बहुत पहले ही चन्द्रशेखर आचार्य श्री चैतन्य महाप्रभु से परिचित हो चुके थे।

एक छत के नीचे दो माह #
वह लम्बी भेंट तब हुई, जब श्री चैतन्य महाप्रभु वृन्दावन के दर्शन करके जगन्नाथ पुरी की ओर लौट रहे थे। ग्रन्थ बताता है कि चन्द्रशेखर आचार्य ने पिछली रात ही स्वप्न में प्रभु का आगमन देख लिया था। वे सुबह उठे और प्रभु का स्वागत करने स्वयं नगर के बाहर गए। फिर वे श्री चैतन्य महाप्रभु को अपने घर ले आए। उसी दिन उन्होंने बलभद्र भट्टाचार्य को भी वहाँ दोपहर के भोजन के लिए बुलाया। बलभद्र भट्टाचार्य वे ब्राह्मण साथी थे, जो इस यात्रा में प्रभु के साथ चल रहे थे। इसके बाद पूरे दो माह तक श्री चैतन्य महाप्रभु चन्द्रशेखर आचार्य के घर में रहे और पास ही तपन मिश्र के घर में प्रतिदिन भोजन करते रहे। कृष्णदास कविराज गोस्वामी इस व्यवस्था को एक ही दोहे में दर्ज करते हैं। उसमें चन्द्रशेखर आचार्य, तपन मिश्र और तपन मिश्र के पुत्र रघुनाथ भट्टाचार्य को "वाराणसी के प्रमुख भक्त" कहा गया है। यह पूरे श्री चैतन्य-चरितामृत के सबसे सीधे और सरल तथ्यों में से एक है। यही इस बात का सबसे स्पष्ट प्रमाण भी है कि श्री चैतन्य महाप्रभु इस एक परिवार पर कितना विश्वास करते थे।
काशी में प्रभु की विजय के साक्षी #
इसी प्रवास में श्री चैतन्य महाप्रभु ने वाराणसी में अपना एक सबसे महत्त्वपूर्ण सार्वजनिक कार्य किया। उन्होंने नगर के मायावादी संन्यासियों से शास्त्रार्थ किया, जिनके प्रमुख प्रसिद्ध विद्वान् प्रकाशानन्द सरस्वती थे। इसके बाद बिन्दु माधव के मन्दिर में उन्होंने समझाया कि श्रीमद्भागवतम् ही वेदान्त-सूत्र की सच्ची व्याख्या है। इस प्रसंग के अपने सारांश में चैतन्य-चरितामृत कहता है कि संन्यासियों की प्रभु से भेंट एक महाराष्ट्रीय ब्राह्मण भक्त ने करवाई थी। यह व्यवस्था चन्द्रशेखर आचार्य ने नहीं की थी। यह अन्तर महत्त्वपूर्ण है, क्योंकि बाद की कथाएँ कभी-कभी इस बात में उलझ जाती हैं कि उस प्रसिद्ध सभा को किसने बुलाया था। चन्द्रशेखर आचार्य की भूमिका छोटी थी, लेकिन फिर भी उल्लेखनीय थी। इस प्रसंग का एक छोटा वर्णन बताता है कि तर्क सुनकर और श्री चैतन्य महाप्रभु की विजय देखकर "चन्द्रशेखर, तपन मिश्र और सनातन" सभी "अत्यन्त प्रसन्न" हुए। उसके साथ दी गई व्याख्या बताती है कि वाराणसी में प्रभु की स्थानीय मित्रता केवल चन्द्रशेखर आचार्य और तपन मिश्र से थी। यह तब भी ऐसा ही रहा, जब उस विजय के बाद नगर में प्रभु की ख्याति उनके इस छोटे मण्डल से बहुत दूर तक फैल गई। दूसरे शब्दों में, इसी घर में रहते हुए श्री चैतन्य महाप्रभु ने चुपचाप पूरे नगर के प्रमुख वेदान्त-विद्वानों को भक्ति की ओर मोड़ना आरम्भ किया, और इसके लिए उन्होंने यह घर कभी नहीं छोड़ा।
चन्द्रशेखर आचार्य ने उस पहले दिन बलभद्र भट्टाचार्य नामक एक ब्राह्मण का दोपहर के भोजन के लिए स्वागत किया। बलभद्र वही यात्रा-साथी थे, जिन्होंने वृन्दावन आने-जाने की पूरी कठिन यात्रा में श्री चैतन्य महाप्रभु के लिए भोजन बनाया और उनकी देखभाल की। चन्द्रशेखर आचार्य के यहाँ भोजन पर उनका होना एक छोटा-सा संकेत है कि इस परिवार ने अपने द्वार केवल महाप्रभु के लिए ही नहीं, बल्कि प्रभु के पूरे यात्रा-दल के लिए पूरी तरह खोल दिए थे।
अन्त में जब श्री चैतन्य महाप्रभु काशी से जगन्नाथ पुरी के लिए चले, तब तक वे चन्द्रशेखर आचार्य के घर में अतिथि के रूप में पूरे दो माह बिता चुके थे। वे नगर के सबसे प्रमुख मायावादी संन्यासियों को भक्ति की ओर मोड़ चुके थे। और उसी घर के सामने वाले द्वार पर उन्होंने वृन्दावन के छह गोस्वामियों में से एक का स्वागत किया था, जैसा कि सनातन और रूप गोस्वामी से सम्बन्ध में बताया गया है।

